上完體育課小腿肌肉疼痛可能是因為過度勞累、肌肉拉傷等原因導致的。具體原因如下：
1、過度勞累：上完體育課小腿肌肉疼痛可能是由於突然大量劇烈運動，或者平時運動量太少，突然進行爬山等劇烈運動，然後出現小腿肌肉痠痛，通常休息後症狀會緩解。乳酸在肌肉中的積累來不及代謝，從而導致肌肉痠痛和疼痛。如果疼痛是一過性的，休息後可緩解，運動後又開始出現，多為運動過度勞累所致。
2、肌肉拉傷：運動時熱身不足或過度運動，都會超過小腿肌肉的極限，導致小腿肌肉腓腸肌拉傷，甚至小腿肌肉出現少量出血，導致肌肉疼痛。如果運動後小腿肌肉疼痛劇烈，且持續加重，不能繼續運動，則通常表明腓腸肌腱受傷，甚至因勞損導致小腿肌肉出血。此時，患者應進行小腿B超或小腿MRI檢查，以排除肌腱拉傷甚至部分肌腱撕裂的可能性。
除此之外，還有其他原因可能導致小腿肌肉疼痛，建議平時適當運動，多吃一些蛋白質較高的食物。
