甲硫氧嘧啶最嚴重的副作用有以下幾種：
1.粒細胞缺乏症；
2.常見的有頭痛、眩暈，關節痛，唾液腺和淋巴結腫大以及胃腸道反應；
3.也有皮疹、藥熱等過敏反應，有的皮疹可發展為剝落性皮炎；
4.個別病人可致黃疸和中毒性肝炎。
甲硫氧嘧啶是抗甲狀腺藥物，藥物過量也會發生甲狀腺功能減低。因此在用藥期間應定期檢查血象、肝功能，如果白血球數低於4X10^9/L或中性粒細胞低於1.5X10^9/L時，應按醫囑停用或調整用藥。
甲硫氧嘧啶主要用於治療各種型別的甲狀腺功能亢進症，在應用甲硫氧嘧啶過程中一定要遵照醫囑，不可隨意更改藥量或停用藥物，如果在服藥過程中出現不適症狀，應及時就醫，由專業醫生進行處理。
